FUTPRO funciona por proceso es democrático, y por tanto se eligen a los miembros de la Junta Directiva por medio de votaciones.

En los estatutos está detallada la convocatoria de elecciones y la duración de los cargos, que será de 4 años. Una vez pasado ese plazo, se convocan elecciones y cualquier miembro puede presentarse a cualquier cargo.